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石河子大学坚持“以服务为宗旨，在贡献中发展”的办学理念，积极为边疆经济社会发展服务，形成了“以兵团精神育人，为屯垦戍边服务”的办学特色。学校坚持走产学研一体化道路，发挥大综合、强应用的学科优势，在“荒漠绿洲区高效农业与生态、动物遗传改良与疾病控制、新疆地方与民族高发病防治、新疆农产品高效贮藏与深加工、新疆特种植物药资源与开发、化工绿色工艺及新型材料技术、新疆特色农业生产机械化技术与装备、兵团经济社会发展与区域合作”等具有区位优势和特色的研究领域取得了突破性进展。近年来，学校主持国家“973计划”项目1项、国家“863计划”项目2项、国家科技支撑计划项目4项、国家哲学社会科学重大招标项目3项，立项省部级以上科研项目640项，取得科研成果300余项，获省部级以上奖励200余项。目前，学校公开出版发行《石河子大学学报》（分自然科学版（科技核心期刊）和社会科学版）、《新疆农垦经济》、《农垦医学》、《兵团教育学院学报》五种学术刊物。

石河子大学现有教职工2611人，专任教师1560人，其中特聘中国工程院院士2人、教育部“长江学者奖励计划”特聘教授2人、“绿洲学者”10人，有国家级教学名师1人、教授166人，副教授489人，获国家或省（部）级有突出贡献中青年专家称号58人，入选新世纪优秀人才8人，入选国家百千万人才2人，享受政府特殊津贴专家80人。学校面向全国31个省区招生，现有在校生30261人，其中普通本专科生22635人，硕士、博士研究生2120人。同时，分别从俄罗斯、韩国、巴基斯坦、哈萨克斯坦、塔吉克斯坦等八个国家招收留学生161人。学校本科毕业生就业率连续多年保持在90%以上，位于新疆高校前列。

石河子大学拥有良好的教学、科研条件。校园面积183万平方米，校舍面积106万平方米，实验室面积17万平方米。拥有设施完善的图书馆、体育馆、游泳馆、田径馆、标准体育场、会堂、综合教学楼等一批标志性建筑。有附属医院4个，建筑面积34万平方米，床位数3400个，职工4544人。图书馆藏书290万册，内有联合国粮农组织（FAO）藏书点。学校校园绿化覆盖率达到43%，多次荣获卫生红旗单位、绿化模范单位、花园式单位、平安校园、绿色大学称号。2008年，学校被评为全国精神文明建设工作先进单位。

石河子大学广泛开展对外交流与合作，先后与美国、俄罗斯、白俄罗斯、哈萨克斯坦、吉尔吉斯斯坦、新西兰、加拿大、澳大利亚、奥地利、日本、韩国等国家30多所大学和科研机构开展了多层次、宽领域的交流合作。学校积极拓展校际、校地、校企交流合作，先后与国内20余所高校签订了校际合作协议，与新疆兵团八师石河子市、九师、沙湾县等兵团、自治区多家单位签订了校地合作协议，与新疆天业、天富、伊力特等多家企业建立了校企合作关系。