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科学研究学校重视科学研究和教学研究，配备了先进的教学与科研仪器设备，提供了良好的科研环境。近五年来，学校承担国家级项目22项，省部级科研课题281项；发表论文3935篇，其中SCI、EI、ISTP收录75篇，出版学术专著10部；获省政府科技进步二等奖奖4项、三等奖21项，省医学会科技奖14项，市科技进步奖20项，遵义市优秀社科成果奖3项；卫生部教学研究课题1项，省级教学研究课题26项，校级教学研究课题130项；获得专利8项；学校主办有面向国内外公开发行并获得国际文献检索系统CODEN代码和国家科技期刊统计源的《遵义医学院学报》。

直属附院第一直属附属医院1995年被评为贵州省首家“三甲”医院，先后荣获“全国百佳医院”、“全国医院感染管理工作先进单位”和“爱婴医院”等称号。附属口腔医院是贵州省集医疗、教学和科研为一体的、实力最强的口腔专科医院。第五附属医院座落在珠海市斗门区，是一所综合性医院，现珠海市政府已批准100余亩土地用于扩大建设。

对外交流与合作学校与美国普杜大学、德国汉诺威医学院、中科院上海生命科学院神经科学研究所、四川大学、大连医科大学、重庆医科大学、上海中医药大学、澳门镜湖护理学院等建立了校际协作关系，进行学术交流与科研项目合作。与重庆医科大学和上海中医药大学联合培养博士研究生。学校邀请美、英、日、加拿大、新西兰、瑞典、德国等国专家来我校讲学，聘请刘新垣院士等专家为名誉教授、客座教授、兼职教授。近年来，共派出170余人出国留学和进行学术交流以及访问。通过扩大与国内外高校的交流与合作，促进了学校教学、科研、医疗及管理水平的不断提高。

荣誉称号先后被评为本科教学工作水平评估优秀学校，全国普通高校体育课程评估优秀学校，贯彻《学校体育工作条例》优秀高等学校，全国普通高等学校优秀教务处，全国大学生暑期“三下乡”社会实践先进单位，全国关心下一代工作先进集体，全国教育系统审计工作先进集体，全国内部审计工作先进集体，贵州省普通高等学校教学管理先进单位，贵州省文明单位，贵州省普通高等学校优秀教务处等。