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学校有附属医院(含临床医学院)13所，即附属第一医院、附属第二医院、附属协和医院、附属口腔医院、省立临床医学院（省立医院）、福总临床医学院（南京军区福州总医院）、附属漳州市医院、附属泉州第一医院、附属三明第一医院、附属龙岩第一医院、附属传染病医院、附属闽东医院、附属南平第一医院。此外，有临床教学医院29所，形成了比较完善的临床教学与实践教学基地网络。

学校现有临床医学和基础医学2个博士后科研流动站，科研机构69个，国家重点培育学科1个，省“211工程”重点学科2个，省教育厅重点学科13个，省科技厅优先发展学科8个，教育部重点实验室1个，省重点实验室1个，省部共建重点实验室2个，省教育厅重点实验室3个，承担着大量的科研任务，成果显著。学校编辑出版的学术刊物《福建医科大学学报》、《福建医科大学学报（社科版）》、《中华高血压杂志》和《心血管康复医学杂志》等，面向国内外公开发行。学校图书馆面积25600平方米，图书、资料174万册，是福建省医学图书中心馆。

目前，学校正大力推进新一轮发展，努力建设为海峡西岸经济区建设服务的创新药物研究开发平台、基础医学研究创新平台、临床医学诊疗创新平台、公共卫生服务创新平台、医学实验动物服务平台和医学创新人才培养平台等六大平台，努力成为海峡西岸医药卫生人才培养中心、医学科学研究中心和医疗预防保健中心，跨入国内同类高校先进行列。