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2013年春季开学，赖每院长宣读了关于调整学院机构设置的通知。为适应学校改革与发展的需要，提高学校管理水平和工作效率，建立与该院事业发展相适应的管理系统和运行模式，该院新设立了机电学院、农学院、会计审计学院以及土木与建筑工程学院，该院设有农学院、机电学院、土木与建筑工程学院、会计审计学院、信息工程学院、管理学院、文学院、交通学院、开放教育学院等9个二级学院，同时独立设置科研处、国际交流中心和港澳台事务办公室。

会计审计学院是南宁学院的二级学院，成立于2013年3月1日，是从原管理学院中分离出来独立建制而成。南宁学院从1987年开始招收第一批会计专业学生，至今已有二十五年的会计专业高等教育办学历史，为社会培养了大批高技能复合型的会计人才。为了适应南宁学院不断发展壮大的需要，进一步提高学校管理水平和工作效率，建立与该校事业发展相适应的管理系统和运行模式，2013年学校对机构设置进行了调整，新设立了会计审计学院，学院下设会计教研室、财务管理教研室、审计教研室、会计实验室等四个教研室。会计审计学院拥有一支教学经验丰富、学术造诣较深的专兼职教师队伍。现有教职工37人，其中教授2人，副教授8人，讲师15人，助教12人，副高以上职称占教师的27%。研究生以上学历23人占教师的62%，在职教师中80%来自于企业一线，有丰富的企业会计实践经验和教学经验。

会计审计学院注重教学改革、教材建设和专业建设，教师队伍科研硕果累累，科研成果在省级、校级的评选中多次获奖。近几年会计专业教师发表了学术论文一百四十多篇，出版学术专著多部，编写教材十几部，主持和参与科研课题研究五十多项，其中国家级课题六项，省部级课题三十八项。会计电算化专业2011年成为自治区特色专业。

信息工程学院沿袭了1985年邕江大学创办之日设立的“微电脑应用专业”办学传统，其前身为成立于1996年的计算机系，为更好地体现办学方向，2010年更名为现名。信息工程学院依据市场需求，开设计算机应用技术、计算机网络技术、计算机网络技术(网络安全方向)、物联网应用技术、软件技术、软件技术（3G移动平台开发方向）、计算机应用技术（IT营销与管理方向）、电子商务、等专业，并将开设邕江大学升本后五大本科专业之一的计算机科学与技术专业。

信息工程学院拥有一支结构合理、教学科研水平高、实践经验丰富的师资队伍，其中教授、副教授及高级工程师11人，博士及硕士研究生10人，海外学成归国人员2人，具有工程师素质的“双师型”教师14人，参与承担了包括广西科技厅千亿元产业重大科技攻关工程项目等9项自治区级科研项目。