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科研经费逐年大幅增加，“十五”期间科研合同经费较“九五”期间增长了150%，纵向项目经费比例超过50%；三大检索数同期增长197%，2006年在全国高校SCI排名第39位，EI第35位，ISTP第11位。2005年，国家自然基金委和铁道部设立了“铁道联合基金”，北京市在该校设立了“北京市城市交通技术转移中心”和“北京交通发展研究基地”人文社科基地。近几年来，该校“世界第一高隧——青藏铁路多年冻土带风火山隧道施工技术”、“计算机信息安全防护技术”研究等3项项目成果获得国家科技进步二等奖；“无水砂卵石地层盾构施工关键技术研究”和由该校主持完成、拥有自主知识产权的BJTU IPV6无线/移动路由器获得北京市科学技术奖一等奖；IPV6无线/移动路由器还被列入2006年国家产业化项目；“基于通信城轨列车控制系统（CBTC）”取得关键技术研究的突破，形成了国内首例具有自主知识产权的“基于通信的列车运行控制系统”，亦庄城轨线将采用该系统。主持或参与北京奥运相关项目40余项。“北京交通发展研究报告”为北京市政府综合交通科学决策提供依据和参考。近年来学校加强了与地方、铁路企业间长期、稳定的产学研合作关系。2005年联合国科教文组织在中国设立的“高等工科教育与产业合作教席”设在该校。市委教育工委、市教委依托该校建立了大学生思想政治教育研究的专门机构--首都大学生思想政治教育研究中心。一年一度的“北京·中国交通论坛”已形成独特的“品牌”。北京交通大学科技园2001年成为北京市市级大学科技园以来，在轨道交通产学研领域取得了明显成果。

关于“985工程”优势学科创新平台建设，学校作了科学规划，指出紧密围绕“轨道交通安全”总的研究方向，突出该校优势学科特色，并兼顾其他相关学科的发展，依托该校现有与轨道交通相关的省部级以上科研平台进行建设。

该校优势学科创新平台主要由公共创新平台和专用创新平台构成。

公共创新平台包括：大系统仿真平台、综合实物平台和公共测试平台。

专用创新平台包括：轨道交通运行控制与调度指挥平台、轨道交通安全检测平台、轨道交通专用通信及宽带无线移动通信平台、铁路特种货物及危险品运输平台、轨道交通基础设施建设安全平台、轨道交通牵引传动供电安全与质量控制平台、轨道车辆结构安全可靠性平台和轨道交通基础信息与决策支持平台。

该校“985工程”优势学科创新平台建设的主要思路是，以建成轨道交通安全科学与技术国家平台为最终目标，以现有省部级科研平台为依托，以子平台为具体建设内容。子平台由各相关学院统筹规划，统一推荐，学校根据现有科研平台的建设任务、目标，择优确定最终建设的子平台。