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1957年购得士林外双溪土地七甲加上士林镇公所赠与之土地共十五甲，由石超庸校友接任院长，积极推动建校事宜。

1958年3月开始迁入位于台北市郊外双溪之新校址。

1969年奉准恢复完全大学建制，随后逐步增设各学系与学院。

2000年东吴大学与同源的苏州大学同庆建校一百年。

2004年由前“行政院副院长”刘兆玄接任校长，即展开多项重大校园制度及建设更新，将东吴明确定位为“一流的教学大学”，连续2年获得“教育部”教学卓越计划2亿多新台币，为公私立排名第一。也获得政治系校友、富兰克林证券总裁刘吉人捐赠1亿元作为人社院学生双修商学院之奖学金，这也是东吴在台复校53年来，金额最高的一笔捐款。

2008年外双溪校区第一教学研究大楼及第二教学研究大楼落成，为东吴大学带来新纪元。

2008年刘兆玄出任“行政院院长”后，副校长马君梅暂代校长一职。10月15日黄镇台教授接任校长。

2010年台湾东吴大学(SoochowUniversity)与江苏苏州大学(SoochowUniversity)同庆建校一百一十周年。

东吴国际超级马拉松

东吴大学自1999年开办东吴国际超级马拉松24小时赛来，除2000年、2006年因故停办2次外，年年都吸引各国好手前来竞技。1999年，林义杰、江丽纹在东吴分别创下全岛男子、女子第一个24小时赛的纪录－220公里、138公里（男子组纪录保持人为陈俊彦，纪录244公里：女子组纪录保持人为邱淑容，纪录206公里）；2002年，日籍的关家良一更在东吴创下亚洲24小时赛的新纪录－266.275公里！东吴大学举办的超级马拉松赛事，除受到全球热爱马拉松好手的重视，东吴大学配合举办的睡衣派对、志工服务，也让参与的同学、参赛者与社会大众留下深刻的印象。

2007年东吴国际超马重新复办。

东吴政治系事件

首位政治学系主任（1954-1958）张佛泉亦是与胡适，雷震共同参与《自由中国》创刊的灵魂人物。傅正则兼任《自由中国》半月刊编辑（1971-1991任教于政治系），于1956年在该刊出版“祝寿专刊”后4年，被警备总部以涉嫌叛乱逮捕。政治系自此遭情治单位长期监视。1981年，校园内出现第一份由学生出资发行的联合班刊《蓄艾》，发表他们对各种政治问题的看法，遭到校方下令停刊。隔年，政治系学生又发行一份《东吴政治月刊》，因为刊登党外杂志《深耕》的广告，也遭撤销发行。1982年11月9日政治系学生组织的“政治系学会”，为二年级同学举办台北市议会旁听活动，当天下午正好国民党籍议员和党外议员各有一个小组进行质询，于是，该学会的学艺组就委托党外市议员谢长廷办理手续，集体前往旁听。之后情治单位，指控黄尔璇带领大批学生到议会听党外议员的质询，并且数度带领学生鼓掌。身为政治系二年级学生的导师黄尔璇，于隔年5月遭校方“解聘”。政治系遂被“教育部”勒令减班重创，直至1983年新任主任郭仁孚到任才逐步回复。