另外还建有福建省船舶行业技术开发基地、科技部坛紫菜科技特派员创业链（基地）、福建省水产病害防治技术研发中心。教育部、财政部立项资助300万元（总投入450万元）建成了“无线通信系统研发及测试”重点实验室。
教育部工程研究中心：鳗鲡现代渔业技术教育部工程研究中心
农业部重点实验室：农业部东海海水健康养殖重点实验室
福建省重点实验室：福建省船舶与海洋工程重点实验室、福建省高校水产科学技术与食品安全重点实验室、福建省海洋渔业资源与生态环境重点实验室、福建省高校水产科学技术与食品安全重点实验室
福建省高校重点实验室：水产科学技术与食品安全福建省高校重点实验室
福建省工程研究中心：福建省高校船舶与海洋工程工程技术中心、福建省水产品深加工工程研究中心、福建省高校食品微生物与酶工程研究中心、福建省清洁燃烧与能源高效利用工程技术研究中心
福建省高等学校人文社会科学研究基地：海西经济运行效率与风险测评研究中心
厦门市工程研究中心：厦门市射频识别工程技术研究中心、厦门市食品生物工程技术研究中心、厦门市射频识别（RFID）工程技术研究中心、厦门市机器人应用与仿真架构工程技术中心、厦门现代设计与制造工程技术研究中心、厦门市无人机遥感应用工程技术研究中心
厦门市重点实验室：厦门市饲料检测与安全评价重点实验室、厦门市涉密信息重点实验室[11-12][21-27]
建设成果
2000年-2009年，集美大学发表科研论文数量中，收录于SCI-E数据库的论文402篇，CPCI-S数据库的论文188篇和EI数据库论文584篇。研究性论文为737篇，会议论文430篇，其中2008年在贵阳召开的防伪、安全和识别国际会议上，共发表论文14篇，此外在第一、二、三届ASID会议和第一、二、四届ICCSE会议中，集美大学发文量较多。
2014年1月，学校3项成果荣获福建省第十届社科优秀成果奖三等奖。
2013年福建省教育厅科技类项目项目名称 | 承担部门 | 负责人 | 项目经费 | 益生菌、肠道菌群与宿主的相互作用水产学院孙云章5.00基于GPGPU的全波形数据并行处理研究计算机工程学院王宗跃2.00船舶动力定位推力系统关键技术研究轮机工程学院吴德烽2.00多点直驱式波浪能发电系统建模仿真与控制策略研究机械与能源工程学院杨绍辉2.00日本鳗鲡Cathelicidin抗菌肽的重组表达和抗菌活性研究水产学院张东玲3.00面向游艇性能设计应用的数值波浪水池关键技术研究轮机工程学院刘建闽3.00新型海参保鲜剂的开发与产业应用生物工程学院翁凌3.00似繁殖习性与驯养技术的研究水产学院黄永春5.00生态系统服务及其价值在城市化中的变化研究水产学院石盛莉1.00复合污染物诱发藻毒素在食物链传递机理的研究水产学院谢钦铭1.00鲍内脏多糖的分离纯化和免疫活性研究生物工程学院何传波1.00整体动物功效动力学生物色谱研究紫菜多糖最小功能成分组生物工程学院陈昭华1.00集装箱货物装箱配载研究航海学院刘旺盛1.00基于FDTD研究太赫兹波对船舶防护涂层系统的脉冲检测轮机工程学院涂婉丽1.00真空绝热板冷藏集装箱的绝热性能优化研究轮机工程学院廖海峰1.00基于GML的空间数据转换与传输加密技术研究计算机工程学院郑翠玲1.00小型化带阻特性超宽带天线的研究与设计信息工程学院陈彭1.00复合“鸭式”波浪能采集装置的仿真研究与试验开发机械与能源工程学院李晖1.00海底建筑表面太阳辐射分布模型研究机械与能源工程学院陶求华1.00基于空间信息技术的厦门市PM2.5时空特征及影响机理研究理学院施益强1.00高温环境对农业照明用的LED老化失效特性影响的研究理学院王敏帅1.00基于现代时频分析的长周期结构非平稳地震反应特征研究工程技术学院刘强1.00高强高韧钛合金热成形组织-性能演变模拟及预测机械与能源工程学院程俊1.004190系列船用增压柴油机整机建模与性能优化研究轮机工程学院黄加亮5.00小G蛋白RAN及互作因子参与大黄鱼免疫机制研究水产学院韩芳3.00