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1948年，人民解放战争的洪流席卷全国，唐山解放。是年9月，军委，铁道部决定将唐山工学院，北京铁道管理学院合并，成立中国交通大学。1950年中国交通大学更名为北方交通大学，唐山部分称北方交通大学唐山工学院。

由于唐山校址发展受到影响，1964年，国家决定学校内迁，确定在峨眉建校。

1971年底，学校正式迁到峨眉，改名为西南交通大学。1972年3月，学校正式更名为西南交通大学，9月，迁校四川后的第一批新生(工农兵学员)入学，此时学校设有机械、铁道、桥隧、电机、运输共5个系以及基础课部。百年老校的“天府时代”揭开了新的一页。

在这消息闭塞、交通不便的山区办学，条件的艰苦是难以想象的。但凭着长期形成的刻苦钻研学风和严谨求实传统，学校依然不断取得新的重要的办学成就：有了自己第一位中科院院士；第一批有权授予博士、硕士学位的单位；第一批国家重点学科产生，第一批可以设立博士后科研流动站单位。

至学校重心迁往成都之前，在铁道部、四川省的大力支持和全体师生的努力下，学校办学整体规模和实力都有了巨大发展，全校已经拥有桥梁及地下铁道、铁道及道路工程、建筑工程、电气工程、材料工程、工程力学、运输工程、管理工程、社会科学、机械工程等16个系以及研究生部、成人教育学院等共20个教学单位。

峨眉办学时期，是学校建设和发展史上的一个具有承前启后、继往开来重要意义的过渡阶段，它为学校“天府时代”的正式确立以及以后“一校两地三校区”办学格局的形成，从教学、科研、师资、设备以及各种资源的合理配置等都方面都准备了条件，奠定了新的更大更快发展的坚实基础。

1984年5月，在四川省和铁道部的努力下，经国务院批准，西南交通大学在四川省府成都市扩建总校。1986年8月2日，成都总校建设工作正式奠基开工；1988年3月30日，成都总校正式挂牌办公；1989年9月1日，学校重心正式转移成都，原峨眉校址改为西南交通大学峨眉分校。2003年，更名为西南交通大学峨眉校区，形成“一校两地三校区”的格局。

2001年学校为适应国家经济发展和西部大开发战略的需要，结合学校现有教育教学资源与西部地区的自然资源优势，在西南交通大学峨眉校区设立药学院（筹），设有制药工程、中药学两个重点本科专业，2008年7月，学校根据学科优化与调整方案，将药学院由峨眉校区迁至西南交通大学犀浦校区，由原药学院和生物工程学院合并组建了学校二级教学、科研管理机构——西南交通大学生命科学与工程学院。药学院原有中药学和制药工程两个本科专业保留，2013年起中药学专业不再招生，制药工程专业继续保留。