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交通运输系成立于1995年，原名运输与经济管理系，2001年改为现名。包括铁道运输，外贸运输和城市轨道交通运营管理三个专业方向。设有教研室3个，实训基地2个。全部教职工24人。专兼职教师23人。教师中具有高级职称8人，中级职称12人，初级职称3人；具有硕士学位9人，在职攻读博士学位5人、攻读硕士学位2人。在读全日制本科学生700余人。

在10余年的办学过程中，尤其是非交通运输专业划归外系以来的6年中，交通运输系系继承和发扬学校“严谨治学、严格要求”的“双严”传统，本着“教育以学生为本，办学以教师为主体”的精神，在学科（专业）建设、教学、教研、科研、学生就业等方面取得了显著成绩。

经多年不懈努力，交通运输系逐步形成了“求真、务实、和谐、严谨”的优良系风，教师珍惜自身教学声誉，学生以勤奋上进为荣，成为我系“小而不弱，强而不息”的核心动力。

交通运输系有自主开发建成铁路行车模拟实训基地和经消化吸收、综合引进的外贸运输实训基地。其中，铁路行车模拟实训基地建设成果被四川科委鉴定为“国际领先、国内一流”，并获得西南交通大学优秀教学成果一等奖，四川省优秀教学成果三等奖，以该实训基地为主体内容的实训基地建设成果在2005年分别荣获四川省优秀教学成果一等奖和国家优秀教学成果二等奖。

在课程建设、教学改革、教学管理方面，交通运输系已有省级精品课程3门，校区精品课程4门，校区优秀课程6门。目前，承担省部级教改项目2项、校区项目4项，发表教研论文近10篇，其中核心期刊论文4篇。我系注重从教学工作的基本环节抓起，建立健全教学质量监控体系。我们在教学管理中逐渐探索形成的“5化、6有、6注重”教学管理体系对提高教学质量和水平发挥了重要作用。

由于交通运输系历时未久，在科研方面原有基础薄弱，但近年来我系实现了省部级科研项目和三大检索论文收录长期为零的突破，在核心期刊上发表的论文逐年增加，科研水平和科研能力显著提高。目前，已主持省部级科研项目2项、横向课题10余项；在《铁道学报》、《计算机集成制造系统》、《西南交通大学学报》、《中国铁道科学》、《系统管理学报》等核心期刊发表论文40余篇，其中Ei收录10篇。

学生就业方面，交运系铁道运输专业方向毕业生一直处于供不应求的局面。近3年来，有越来越多的用人单位为了能招聘到我系铁道运输专业的毕业生，而与学生提前1年签订“3+1”培养协议，我系历届毕业生以“上手快、后劲足”而受到用人单位普遍好评。外贸运输专业方向从2003年开始招生，首届毕业生就业率已超过81.5%。同时，学生英语四级和六级通过率逐年提高，交运系2004级外贸运输专业英语一次性通过率高达65.63%，目前已达到92.19%，英语六级通过率已达到51.56%。