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教学改革:“十五”以来，先后承担了包括国家“十五”、“十一五”教育科学规划项目和“世行贷款”项目在内的国家、军队和广东省教育研究课题93项。在多科性医科大学办学模式、实验教学改革、创新教育、教学质量保障、教学管理信息化建设、医学教育技术研究、科研促进教学、医学人文教育等方面进行了深入探索和改革实践。获得省部级以上优秀教学成果奖49项，研制的《医学通用题库》，获得军队优秀教学成果二等奖，在全国50多家院校推广使用。开发的教务管理软件《军队院校学籍管理系统》，被指定为全军和武警院校的教务管理系统。73项省部级二等奖以上科研成果（占“十五”以来总成果的58.87%）已经转化为教学资源直接服务本科教学；主编出版“十一五”规划等高水平教材11部，58项多媒体教材获省部级以上成果奖；目前建有6门国家精品课程、19门广东省精品课程、2个国家实验教学中心、9个广东省实验教学示范中心；建设了44门PBL课程、54门双语课程、33个本科生创新教育基地。改革成果在众多高水平学术刊物发表，被《人民日报》、《光明日报》、《解放军报》、中央电视台、《中国教育报》、《中国青年报》、凤凰卫视等主流媒体多次报道。

科学研究:“十五”以来，先后承担各类课题2139项，获得纵向课题经费5.13亿元，主持“973”课题3项、国家自然科学基金重点项目12项；作为第一完成单位获国家技术发明二等奖1项，国家科技进步二等奖7项，省部级科技成果一等奖24项。2000年以来，我校有5项科研成果7次入选国家公布的年度科技十大新闻。2004年~2008年，国家科技部公布的Medline收录论文排名中，我校连续5年在全国1000余所高校中位居前16名；2006年，侯凡凡教授的原创论文在国际顶尖医学杂志《NEnglJMed》（《新英格兰医学杂志》）上发表,影响因子51.296，该成果被美国内科学年报评为“2006年内科学领域最重要的14项研究进展之一”。

医疗实力:拥有6个广东省医学重点专科，广东省35项“名医工程项目”我校占9项。有直属附属医院6所（南方医院、珠江医院、第三附属医院、江都医院、中西医结合医院和北滘医院），其中第一临床医学院（南方医院）、第二临床医学院（珠江医院）都是高水平综合性教学医院，展开床位5000余张。在消化病诊治、肾病的综合治疗、中西医结合诊疗、肾肝移植、异体手移植、造血干细胞移植、心脑血管介入、创伤修复、新生儿重症救治和围产医学等方面形成了明显的特色优势。南方医院惠侨科被中央军委授予“模范医疗惠侨科”荣誉称号，并得到江泽民同志亲笔题词嘉勉。

产业开发:自20世纪80年代以来，学校坚持以“科学技术是第一生产力”为指导思想，开创了全国高校产学研一体化先河，以自主研发的“三九胃泰”、“正天丸”、“无限极口服液”、“尿毒清”等产品为基础，先后创建了深圳南方制药厂（三九集团前身）、南方李锦记营养保健品有限公司（现名无限极（中国）有限公司）、广州康臣药业有限公司等国际知名的医药企业。2004年转制地方以来，取得科技成果300余项，研制出国际上第一个SARS抗原检测试剂盒、国家1类新药全氟丙烷人血白蛋白微球注射剂、f-PAX系统等重量级的科研产品并成功转化，在生物医药、保健食品、医疗器械、日用化工等多个医药相关领域新建立了东方药林、南方洁灵、宜诚数字医疗等一批高新技术企业。