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学校现有3个国家重点学科：人体解剖与组织胚胎学、内科学（消化系病）、中西医结合临床；2个国家重点（培育）学科：病理学与病理生理学、外科学（骨外）；5个国家中医药管理局重点学科，10个广东省重点学科。学校以项目为纽带建设了五大学科群：用于疾病诊断的生物新技术研究、重大疾病的分子基础及药物筛选、器官衰竭的防治研究、应对核化生恐怖的医学防护技术研究、疑难病证中西医结合诊疗方案优化及新制剂研发，2008年，该五大学科群被广东省评为第三期“211工程”重点建设项目，获得建设经费逾亿元。

中国工程院院士、第六届全国人大代表、全国优秀教师、全国高校先进科技工作者、一代名师、军队杰出高级专家、一级教授---钟世镇

1925年出生，1952年毕业于中山大学医学院。人体解剖学家，中国现代临床解剖学奠基人，中国数字人和数字医学研究倡导者。1997年当选为中国工程院院士。曾任中国解剖学会名誉理事长。

建立了以解决临床外科发展需要的应用解剖学研究体系。创办并主编了《中国临床解剖学杂志》和《JournalofClinicalAnatomy》期刊；担任总主编出版了《临床解剖学丛书》、《现代临床解剖学丛书》和《钟世镇临床解剖学图谱全集》；担任美国《ClinicalAnatomy》和法国《Surgical&RadiologicAnatomy》的执行编委及助理主编。他在显微外科领域的系列成果，为中国显微外科长期跻身于国际先进学术行列，提供了基础理论依据。曾获“国家科技进步二等奖”6项、“何梁何利科技进步奖”和“广东省科学技术突出贡献奖”。在人体管道铸型标本研究上有创新性成就，建成了一个享誉国际的“南方医科大学人体博物馆”。在解剖学领域中，开拓了工医结合的生物力学研究工作，创建了全军和广东省医学生物力学重点实验室，担任广东省创伤救治科研中心主任，为战创伤、撞击伤和脊柱稳定性的研究，取得了有价值的机理性成果。

中国科学院院士、全国优秀教师、国家级有突出贡献的中青年专家、全国卫生系统优秀留学回国人员、军队杰出高级专家、二级教授---姚开泰

1931年出生，1954年毕业于上海第一医学院医疗系，中国科学院院士，著名肿瘤病理生理学家，我国鼻咽癌研究的主要奠基人之一，曾任国际EVB委员会常务委员。先后任国务院学位委员会学科评议组成员、中国科学技术奖生物科学学科评委会委员、中国抗癌协会常务理事、湖南省抗癌协会理事长、中国病理生理学会肿瘤专业委员会主任委员，现任南方医科大学肿瘤研究所教授、所长，博士生导师，广东省蛋白质组学重点实验室学术委员会主任，广东医药工业研究所学术委员会主任，广东华南灵长类动物研究开发中心学术委员会主任，卫生部肿瘤蛋白质组学重点实验室学术委员会主任。